1. Lãnh đạo Sở
a) Sở Y tế có Giám đốc và 03 Phó Giám đốc;
b) Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở Y tế, do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở Y tế;
c) Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở Y tế; giúp Giám đốc Sở thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Sở phân công, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy nhiệm điều hành các hoạt động của Sở. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác;
d) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cho từ chức, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho nghỉ hưu và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của Đảng và Nhà nước.
2. Các tổ chức tham mưu tổng hợp, chuyên môn nghiệp vụ thuộc Sở và tương đương, gồm:
a) Văn phòng Sở;
b) Thanh tra Sở;
c) Phòng Kế hoạch Tài chính;
d) Phòng Nghiệp vụ;
đ) Phòng Dân số.
3. Chi cục trực thuộc Sở: Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm tỉnh Tây Ninh
4. Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở:
a) Bệnh viện Đa khoa tỉnh Tây Ninh;
b) Bệnh viện Y dược cổ truyền tỉnh Tây Ninh;
c) Bệnh viện Phục hồi chức năng tỉnh Tây Ninh;
d) Bệnh viện Lao và Bệnh phổi tỉnh Tây Ninh;
đ)Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Tây Ninh;
e) Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm tỉnh Tây Ninh;
g) Trung tâm Pháp y tỉnh Tây Ninh;
h) Trung tâm Giám định y khoa tỉnh Tây Ninh;
i) Trường Trung cấp Y tế tỉnh Tây Ninh;
k) Trung tâm Y tế huyện Bến Cầu;
l) Trung tâm Y tế huyện Châu Thành;
m) Trung tâm Y tế huyện Dương Minh Châu;
n) Trung tâm Y tế huyện Gò Dầu;
o) Trung tâm Y tế huyện Tân Biên;
p) Trung tâm Y tế huyện Tân Châu;
q) Trung tâm Y tế thị xã Hòa Thành;
r) Trung tâm Y tế thị xã Trảng Bàng;
s) Trung tâm Y tế thành phố Tây Ninh.